O segurado empregado em gozo de auxílio-doença será considerado pela empresa como licenciado, ou seja, o contrato de trabalho ficará suspenso enquanto durar o auxílio-doença. O empregado tem assegurado, por ocasião de sua volta, todas as vantagens que, em sua ausência, tenham sido atribuídas à categoria a que pertencia na empresa.
A empresa que garantir ao empregado uma licença remunerada ficará obrigada a pagar-lhe durante o período de auxílio-doença a eventual diferença entre o valor deste e a importância garantida pela licença, sendo que nos contratos por prazo determina, o tempo de afastamento, não será computado na contagem do prazo para a respectiva terminação. No período de suspensão contratual não pode haver a rescisão do contrato de trabalho.

FÉRIAS E 13º SALÁRIO
Dispõe o artigo 133, inciso IV, da CLT, que o empregado perderá o direito as férias se no curso do período aquisitivo, tiver percebido benefício previdenciário por auxílio-doença ou acidente do trabalho por mais de 6 (seis) meses, mesmo descontínuos. Assim, se o afastamento for inferior a 6 (seis) meses, não haverá perda do direito de férias.
O Décimo terceiro salário somente será devido em relação ao período trabalhado para a empresa, computando-se o período dos primeiros 15 (quinze) dias do afastamento. O INSS paga aos segurados que estiveram afastados em benefício previdenciário por incapacidade o abono anual, sendo este, calculado da mesma forma que a gratificação natalina dos trabalhadores, todavia, tendo por base o valor da renda mensal do benefício do mês de dezembro de cada ano.

FGTS - RECOLHIMENTO
O depósito do FGTS na conta vinculada dos empregados é obrigatório nos dias de afastamento por doença e acidente de trabalho remunerados pelo empregador, que correspondem aos primeiros 15 (quinze) dias de afastamento do trabalho. A partir do 16º dia de afastamento do trabalho, com a concessão ou não do auxílio-doença não será devido o depósito do FGTS. 
Tratando-se de afastamento por auxílio-doença em decorrência de acidente do trabalho o FGTS deverá ser depositado mensalmente enquanto durar o recebimento do auxílio-doença acidentário (Artigo 15, § 5º, da Lei nº 8.036/1990).

ESTABILIDADE PROVISÓRIA

A legislação vigente não assegura estabilidade provisória ao empregado após a cessação do auxílio-doença comum (B 31). Entretanto, pode ocorrer que determinado instrumento coletivo de trabalho (ACT/CCT/Dissídio Coletivo) assegure estabilidade provisória para os empregados abrangidos pelo referido instrumento coletivo.
Cabe ressaltar que, se o afastamento ocorre em virtude de acidente do trabalho, os empregados, inclusive o doméstico tem garantia, pelo prazo mínimo de 12 (doze) meses, da manutenção do seu contrato de trabalho, inclusive se firmado por prazo determinado, após a cessação do auxílio-doença acidentário (B 91), na forma disposta no artigo 118 da Lei nº 8.213/1991.

PAGAMENTO DO SALÁRIO-FAMÍLIA
O salário-família será pago mensalmente pelo INSS ao empregado e trabalhador avulso em gozo de auxílio-doença, comum ou acidentário, juntamente com o benefício.